ESX 3.5 может медленнее работать с дисками, чем 3.0

В ESX 3.5 был увеличен максимальный размер запроса к устройству хранения данных - до 32 МБ. Т.е. такой объем информации может быть передан за одну операцию I\O. Увеличение это сделано для повышения максимальной скорости работы с устройством хранения данных - запрос размера большего чем максимальный будет разбит на несколько.
Но, это изменение может привести к снижению скорости работы ESX с некоторыми СХД. Это не обязательно, зависит от многих параметров.
Так что, если скорость работы с дисками ESX 3.5 упала по сравнению с ESX 3.0 - стоит попробовать вернуть эту настройку к старому значению:

1. Go to Host > Configuration.
2. Click Advanced Settings.
3. Go to Disk.
4. Change Disk.DiskMaxIOSize.
   
   

Так же, для диагностики проблемы можно использовать утилиту esxtop. В случае этой проблемы эта утилита будет показывать высокие значения "device latencies".
Источник - база знаний VMware.